Narra una leggenda che Bannio doveva sorgere in località Gabi di Pontegrande, ma gli abitanti di allora, mentre procedevano ai lavori, si accorsero che un uccellino tutti i giorni cinguettava insistentemente intorno a loro, poi raccoglieva una ramoscello per trasportarlo in uan folta boscaglia nel mezzo di un incantevole pianoro.
I Montanari, colpiti da questo fatto, decisero di seguire il volatile e di costruire la chiesa dove esso depose il mucchio di fuscelli.
Bannio, capoluogo millenario della Valle Anzasca, era già abitata all'epoca dei Romani, come lo testimonia la necropoli risalente al 100 A.C. e 100 D.C. scoperta negli anni 1953 e 1956, nei pressi delle Scuole Elementari, dallo studioso banniese Michele BIONDA.
Purtroppo, incendi dolosi hanno distrutto l'archivio parrocchiale nel 1716 e quello comunale nel 1814. In quest'ultimo erano deposotati i documenti di tutta la Valle Anzasca, appartenevano al Comitato dell'Ossola e verso il 1070 pervennero, per eredità, ai Conti di Biandrate e a questa nobile famiglia rimasero sino al 1291.

Passarono poi in possesso del Comune di Novara, entrarono a far parte dei domini dei Visconti nel 1332 e fecero poi parte del Ducato di Milano, anche durante la dominazione spagnola, sino al 1743.
Il Comune della Valle Anzasca, verso la fine del XIV secolo, era diviso in sei degagne: Drocala (ora Castiglione), Calasca, Civola o Ciola (ora San Carlo), Bannio, Vanzone e Macugnaga. Bannio era il capoluogo.
Ogni degagna aveva un Console e si amministrava con il concorso dei capi famiglia.
Gli affari collettivi erano trattati dal Consiglio Generale, formato dai Consoli, che si riunivano priama Bannio e poi in Pontegrande.
Il Sindaco generale, nominato dal Consiglio, rappresentava la Valle presseo il Vicario di Vognogna, che amministrava anche la giustizia.
Il 13 settembre 1743, per il trattato di Worms, la Valle Anzasca passa al Re di Sardegna Carlo Emanuele III.
Carlo Emanuele IV l'8 dicembre 1798 dovette cederla alla Repubblica Francese. Il 20 maggio 1814 ritorna al Re di Sardegna Vittorio Emanuele I.

Nel 1818 la Valle Anzasca fu staccata da Vognogna ed eretta in Mandamento, con sede a Bannio, in frazione Pontegrande.
Nel 1924 il Mandamento di Bannio venne soppresso ed aggregato a quello di Domodossola. Nel 1928, a seguito della revisione delle circoscrizioni comunali, Bannio divenne capoluogo del nuovo "COMUNE DI BANNIO ANZINO".
A Bannio esistevano due confraternite, ognuna con una proprio Chiesa. Una era quella dei disciplinati di S. Marta istituita nel 1553, l'altra quella dell'Annunciazione, detta del Gonfalone risalente al 1565. Per dissidi sorti fra loro, esse vennero soppresse e ne fu instituita una sola nel 1759 con il nome di confraternita del Santissimo Sacramento, tuttora esistente.
I suoi componenti, ancora oggi, sono presenti alle processioni religiose ed ai riti funebri, portano una tunica con cappuccio bianco ed una mantellina rossa.